英語原文(wwPDB)

mmcif_pdbx.dic辞書索引

概要

辞書名
PDBアーカイブの現行データファイルに対応したPDB交換辞書(PDBx/mmCIF)バージョン5
辞書の説明
PDB交換データ辞書の現行版
初期バージョンの開発者
wwPDB
辞書管理者
wwPDB
辞書ファイル名
mmcif_pdbx.dic
辞書のバージョン
5.381
最終更新日
2023-10-23
バージョン 更新日 更新内容
5.381 2023-10-23
変更点 (ep):
5.380 2023-10-02
変更点 (ep):
5.379 2023-08-28
変更点 (ep):
5.378 2023-08-22
変更点 (ep):
5.377 2023-08-15
変更点 (ep):
5.376 2023-08-02
変更点 (ep):
5.375 2023-07-24
変更点 (ep):
5.374 2023-07-17
変更点 (ep):
5.373 2023-06-18
変更点 (ep):
5.372 2023-06-12
変更点 (ep):
5.371 2023-06-01
変更点 (ep/cl):
5.370 2023-05-03
変更点 (ep):
5.369 2023-04-12
5.368 2023-03-14
変更点 (ep):
5.367 2023-03-07
変更点 (ep):
5.366 2023-01-28
変更点 (ep):
5.365 2023-01-09
変更点 (ep):
5.364 2022-12-15
変更点 (ep):
5.363 2022-12-01
変更点 (ep/cv/ab):
5.362 2022-10-25
変更点 (ep):
5.361 2022-08-31
変更点 (ep/rp/cv):
5.360 2022-07-19
変更点 (ep/mw):
5.359 2022-06-01
変更点 (ep):
5.358 2022-04-13
変更点 (ep):
5.357 2022-03-16
変更点 (ep):
5.356 2022-02-23
変更点 (ep/Aaron Brewster):
5.355 2022-02-02
変更点 (ep):
5.354 2022-01-11
変更点 (ep):
5.353 2021-12-07
変更点 (ep/Antanas Vaitkus):
  • 記述中でオングストローム(Å)が大文字になっていない箇所を修正した
  • 記述中でケルビン(K)が大文字になっていない箇所を修正し「degrees」の語を削除した
  • _diffrn_detector.detectorの設定可能値リストに「SCINTILLATION」を追加した
  • _diffrn_detector.typeの設定可能値リストに「Cyberstar LaBr3」「DECTRIS EIGER2 S 1M」「DECTRIS EIGER2 S 4M」「DECTRIS EIGER2 S 9M」「DECTRIS EIGER2 S 16M」を追加した
  • _diffrn_source.typeの設定可能値リストに「ESRF BEAMLINE ID22」を追加した
  • _software.nameの設定可能値リストに「GSAS」「ISOLDE」「PRODD」を追加した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値リストを更新した
  • _em_imaging_optics.energyfilter_nameの設定可能値リストに「TFS Selectris」「TFS Selectris X」を追加した
  • _em_software.nameの設定可能値リストに「FEI tomography」を追加した
  • _pdbx_struct_oper_list.full_matrixの要素を新たに追加した
5.352 2021-10-31
変更点 (ep):
5.351 2021-10-11
変更点 (ep):
5.350 2021-09-09
変更点 (ep):
5.349 2021-09-01
変更点 (ep):
5.348 2021-08-03
変更点 (ep):
5.347 2021-07-18
変更点 (ep):
5.346 2021-07-08
変更点 (ep):
5.345 2021-06-30
変更点 (ep):
5.344 2021-06-08
変更点 (ep):
  • _exptl.methodのため_item_enumeration.pdbx_value_displayを追加した
5.343 2021-06-02
変更点 (ep):
5.342 2021-04-19
変更点 (ep/jw):
5.341 2021-03-15
変更点 (ep/jw):
5.340 2021-03-10
変更点 (jt):
5.339 2021-02-16
変更点 (Global Phasing Ltd.):
5.338 2021-01-20
変更点 (ep):
5.337 2021-01-05
変更点 (ep/mw/cv):
5.336 2020-11-10
変更点 (ep):
5.335 2020-10-27
変更点 (ep):
5.334 2020-10-05
変更点 (ep):
5.333 2020-09-08
変更点 (ep):
5.332 2020-08-19
変更点 (ep):
5.331 2020-07-20
変更点 (ep):
5.330 2020-07-11
変更点 (ep):
5.329 2020-06-23
変更点 (ep):
5.328 2020-06-08
変更点 (ep):
  • 「Consortia for HIV/AIDS Vaccine Development」と「Tower Cancer Research Foundation」を新たな資金提供機関のリストに追加した
  • _pdbx_molecule_features.class の設定可能値リストを _pdbx_reference_molecule.class の設定可能値リストに合わせた
  • _em_software.name の設定可能値リストに「DIALS」を追加した
  • 「SSRL BEAMLINE BL12-1」を _diffrn_source.type の設定可能値リストに追加した
5.327 2020-06-05
変更点 (ep):
  • 以下のカテゴリからローカルな内容を除去した
    _pdbx_chem_comp_synonyms, _pdbx_chem_comp_related, _pdbx_chem_comp_atom_related, _pdbx_entity_branch_list, _pdbx_entity_branch_link, _pdbx_entity_branch, _pdbx_branch_scheme
  • 以下の属性からローカルな内容を除去した
    _struct_conn.pdbx_ptnr1_atom_stereo_config, _struct_conn.pdbx_ptnr1_leaving_atom_id, _struct_conn.pdbx_ptnr2_atom_stereo_config, _struct_conn.pdbx_ptnr2_leaving_atom_id, _entity_name_com.pdbx_provenance
5.326 2020-05-26
変更点 (ep):
  • 分岐鎖辞書の拡張を取り込んだ。
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値に値を追加した
  • _diffrn_source.type の設定可能値リストの一つを「ORNL Spallation Neutron Source BEAMLINE MANDI」と修正し各破砕中性子源であることが分かるようにした
  • _pdbx_reference_entity_poly.type の設定可能値リストに「oligosaccharide」を追加した
  • _software.name の設定可能値リストに「cxi.merge」を追加した
  • _pdbx_reference_molecule.class の設定可能値リストに値を追加した
5.325 2020-04-13
変更点 (jt/ep):
  • _diffrn_source.type と _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline の設定可能値リストに「ELETTRA BEAMLINE XRD2」を追加
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値に値を追加した
  • em_support_film.material の設定可能値に「GOLD」を追加
  • _em_image_recording.film_or_detector_model の設定可能値に「FEI Falcon IV (4k X 4k)」を追加
  • em_software.name の設定可能値に「JADAS」と「crYOLO」を追加
  • _pdbx_database_status.status_code_nmr_data の設定可能値リストから内部用の値を削除
5.324 2020-03-03
変更点 (pkeller/ep):
  • pdbx_refine_tls_groupを修正し、TLSグループの定義を明確にして構造の一貫性をより持たせるようにした。
    そのため、atom_siteカテゴリに対応する以下の子要素を作成した。
    _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_asym_id, _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id, _pdbx_refine_tls_group.end_label_asym_id, _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id
  • _atom_type.pdbx_scat_Cromer_Mann_a6 と _atom_type.pdbx_scat_Cromer_Mann_b6 の要素を追加
  • 以下の項目における事例や設定可能値リストにPDBCを追加
    _pdbx_database_status.process_site, _pdbx_chem_comp_audit.processing_site, _chem_comp.pdbx_processing_site, _pdbx_prd_audit.processing_site,
    _pdbx_family_prd_audit.processing_site, _em_admin.deposition_site, _pdbx_chem_comp_model_audit.processing_site
  • _refine.ls_R_factor_obs, refine.ls_R_factor_R_free, refine.ls_R_factor_R_work の上限値を1.0に設定
  • _em_imaging.accelerating_voltage の設定可能値の条件を必須条件から推奨条件へと緩めた
  • pdbx_audit_support の設定可能値リストに値を追加
  • _pdbx_nmr_software.name の設定可能値リストに CoMAND を追加
  • _pdbx_nmr_exptl_sample.concentration_units の設定可能値リストに 'mg' を追加
  • _pdbx_reference_entity_sequence.type と _pdbx_reference_entity_list.type を設定可能値リストに規定した値のみ設定できるよう条件を変更
5.323 2020-02-04
変更点 (ep):
  • pdbx_reference_molecule.represent_as の設定可能値リストに「branched」を追加
  • _em_imaging.microscope_model の設定可能値リストに「HITACHI H3000 UHVEM」を追加
  • pdbx_audit_support の設定可能値リストに値を追加した
5.322 2020-01-26
変更点 (ep):
  • 登録時、pdbx_database_relatedに指定できる値リストを拡張し、「split」と「complete」を含めるようにした
  • pdbx_nmr_software.name の設定可能値リストを更新した(I-PINE)
  • _reflns.pdc_Rrim_I_all の設定可能値を5未満に制限した
  • pdbx_audit_support の設定可能値リストに値を追加した
  • _em_software.name enumeration の設定可能値リストに「ICON」と「ISOLDE」を追加し、「CryoSPARC」が重複しているのを修正した
  • _em_buffer.pH の説明を修正した
  • _em_sample_support.grid_material の設定可能値リストに「NICKEL/TITANIUM」を追加した
  • _em_imaging_optics.phase_plate の登録時指定可能リストを作成した
  • em_imaging.microscope_model の設定可能値リストに「TFS TALOS F200C」と「TFS TALOS L120C」を追加した
  • pdbx_chem_comp_synonyms を新たな要素として追加した
  • _pdbx_depui_status_flags.post_rel_replacement_reason の設定可能値リストに「Model orientation/position」を追加した
5.321 2019-12-18
変更点 (ep):
  • _diffrn_detector.type の設定可能値リストに値を追加し、BIX-3、BIX-4、iBIX が使えるようにした
5.320 2019-11-26
変更点 (ep):
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値に値を追加した
  • _chem_comp.type の設定可能値リストに alpha と beta linking D/L saccharide を追加した
  • _pdbx_chem_comp_identifier.type の設定可能値リストに 'CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL'、'IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL'、'SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL' を追加した
  • pdbx_chem_comp_feature.type の事例に 'CARBOHYDRATE ANOMER'、'CARBOHYDRATE ISOMER'、'CARBOHYDRATE RING' を追加した
5.319 2019-11-12
変更点 (ep):
  • pdbx_database_status の仕様を拡張し、nmr_data の内容を含めるようにした
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源) の仕様を見直し、詳細に国情報を含めるようにした
  • em_software.name の設定可能値リストに「ERRASER」を追加した
  • _diffrn.ambient_temp の上限値を 450 に設定した
  • pdbx_nmr_chem_shift_ref.mol_common_name の設定可能値リストに「TFA」を、_pdbx_nmr_chem_shift_ref.atom_group の設定可能値リストに「fluorine」を追加した。
  • _em_imaging.microscope_model の設定可能値リストに「TFS TALOS」を追加した
  • _reflns.percent_possible_obs の推奨制限値訂正した
  • _struct_keywords.pdbx_keywords を登録時の必須項目とした
  • _reflns.pdbx_CC_half の推奨制限値を追加した
5.318 2019-10-28
変更点 (ep):
  • _diffrn_detector.type の設定可能値リスト中に重複があったのを修正した
  • deposition_email の型名を修正した
5.317 2019-10-21
変更点 (ep):
  • _differn_detector.type の設定可能値リストの中でDECTRIS EIGER検出器の値を更新した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値に値を追加した
  • _em_imaging.specimen_holder_model の設定可能値リストに「GATAN ELSA 698 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER」と「FISCHIONE 2550」を追加した
  • _em_imaging.microscope_model の設定可能値リストに「TFS GLACIOS」と「TFS KRIOS」を追加した
5.316 2019-10-10
変更点 (ep):
  • _reflns.pdbx_CC_star, _reflns_shell.pdbx_CC_star の設定可能範囲を調整した
  • _reflns.pdbx_R_split, _reflns_shell.pdbx_R_split の設定可能範囲を調整した
  • struct_ref_seq_dif.details の内部用設定可能値リストを新たに設定した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値に値を追加した
  • pdbx_contact_author.email に新たなデータ型 deposition_email を適用した
5.315 2019-09-11
変更点 (ep/jmb):
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値に値を追加した
  • _pdbx_depui_status_flags.post_rel_replacement_reason_details と _pdbx_audit_revision_details.details の要素を新たに追加した
  • _atom_site.label_alt_id の説明を更新した
  • _refine.pdbx_R_complete と _refine_ls_shell.pdbx_R_complete の要素を新たに追加した
5.314 2019-08-19
変更点 (ep/jmb):
  • _pdbx_nmr_spectrometer.model の大文字小文字表記を修正した
  • _diffrn_detector.type, _pdbx_audit_support.funding_organization の設定可能値を追加した
  • _reflns.pdbx_Rrim_I_all, _reflns.pdbx_Rpim_I_all, _reflns.pdbx_R_split の推奨制限値を調整した
  • _atom_type.pdbx_scat_Z, _atom_type.pdbx_N_electrons の要素を追加した
  • _reflns.pdbx_CC_star and _reflns_shell.pdbx_CC_star の定義を追加した
5.313 2019-07-10
変更点 (ep):
  • _diffrn_detector.type, _software.name, _pdbx_audit_support.funding_organization の各要素の設定可能値リストに値を追加した
  • _pdbx_refine_tls_group.pdbx_refine_id と _pdbx_refine_tls.pdbx_refine_id の指定を必須化した
5.312 2019-06-11
変更点 (ep/jmb):
  • 各地域に属する国に関する記述を修正した
  • pdbx_entity_descriptor の名称を pdbx_entity_branch_descriptor に変更した
  • _em_image_recording.avg_electron_dose_per_image に設定可能な値の制限を修正した
  • _diffrn_detector.type に設定できる検出器のリストに DECTRIS EIGER2 を追加した
  • _reflns_shell.pdbx_Rsym_value の high soft limit を増やした
5.311 2019-05-21
変更点 (ep):
  • _pdbx_entry_details.has_ligand_of_interest を追加した
  • software.name の設定可能値リストに Fragon を追加した
  • pdbx_nmr_chem_shift_software.software_label を必須項目から外した
5.310 2019-05-16
変更点 (ep/jb):
  • software.name の設定可能値リストに PDB-REDO を追加した
  • _exptl_crystal_grow.pH の上限値を14.0に設定した
  • exptl_crystal_grow.method の事例を現行の設定可能値リストに合った内容に更新した
  • _pdbx_nmr_spectrometer.model の設定可能値リストに新しい AVANCE spectrometer を追加した
5.309 2019-04-24
変更点 (ep):
  • _em_depui.obsolete_instructions と em_admin.replace_existing_entry_flag を必須項目から任意項目に変更した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の仕様を拡張した
  • Incorporate enumeration/examples for branch change carbohydrates including _entity.type, _pdbx_chem_comp_identifier.type, _pdbx_entity_descriptor.type.
  • _reflns_shell.Rmerge_I_obs のソフト上限を増やした
  • _pdbx_depui_status_flags.post_rel_replacement_reason を追加した
  • _pdbx_database_status.post_rel_recvd_coord_date、_pdbx_database_status.post_rel_recvd_coord、_pdbx_database_status.post_rel_status を追加した
  • 空白を含むIDリスト用のデータ型「id_list_spc」を作成した。これは pdbx_struct_assembly_gen_depositor_info.chain_id_list で使われている。
5.308 2019-04-11
変更点 (ep):
  • 「Amber」を _em_software.name の設定可能値リストに追加した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の仕様を拡張した
  • _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list のデータ型をテキスト型に変更した
5.307 2019-04-01
変更点 (ep):
  • 「carbonyl carbon」を _pdbx_nmr_chem_shift_ref.atom_group の設定可能値リストに追加した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の仕様を拡張した
  • _pdbx_nmr_software.name の登録可能値リストを作成した
5.306 2019-03-20
変更点 (ep):
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の仕様を拡張した
  • _entity.pdbx_number_of_molecules に設定できる値を整数に制限した
  • entity_poly.type に設定可能な値から polysaccharide(D) と polysaccharide(L) を除去した
  • 無効なチェックサムが書かれていた _audit_author.identifier_ORCID と _citation_author.identifier_ORCID の事例を更新した
  • _diffrn_source.type の設定可能値リストに「LaB6 thermoionic」を追加した
  • em_software.name の設定可能値リストに「emClairity」を追加した
  • _refine.ls_d_res_low、_refine_ls_shell.d_res_low、_refine_ls_shell.d_res_high に設定可能な最低値を変更し0.0を含まないようにした
5.305 2019-02-03
変更点 (ep):
  • 登録時 _refine.pdbx_starting_model を必須とする変更を取りやめた
  • struct_conn.conn_type_id の設定可能値リストに値を追加した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値リストに「KU Leuven」と「Lundbeckfonden」を追加した
5.304 2019-01-29
変更点 (ep):
  • _pdbx_chem_comp_audit.annotator と _pdbx_chem_comp_audit.details の内容を修正した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値リストに値を追加した
  • _em_imaging.accelerating_voltage の最大値に400を設定した
  • PDB登録のため_refine.pdbx_method_to_determine_struct, _refine.pdbx_starting_model, _reflns_shell.number_unique_obs を必須項目に変更
  • _diffrn_source.type の設定可能値リストに「Excillum MetalJet D2 70 kV」と「ELETTRA BEAMLINE 11.2C」を追加した
  • _em_3d_fitting_list.pdb_chain_id のデータ型を asym_id に変更した
5.303 2018-12-03
変更点 (ep):
  • 新たな酵素番号の分類に対応するため、ec-type の定義を変更した
  • _struct_keywords.pdbx_keywords の設定可能値リストに TRANSLOCASE を追加した
5.302 2018-11-19
変更点 (ep):
  • em_group にさまざまな em_* カテゴリを追加した
  • の設定可能値リストを更新した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値リストに「Science and Technology Funding Council」と「Global Challenges Research Fund」を追加した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)を登録時の必須項目にした
  • _em_imaging.c2_aperture_diameter の単位をμmに、設定可能最小値を1に変更した
  • _pdbx_nmr_chem_shift_ref.mol_common_name の設定可能値リストに glucose を追加した
5.301 2018-11-08
変更点 (ep):
  • _em_software.name の設定可能値リストに Buccaneer を追加した
  • _pdbx_prd_audit.processing_site の設定可能値リストに値を追加した
  • CHESS BEAMLINE G3、PAL-XFEL BEAMLINE NCI のビームラインを追加した
  • Rigaku HyPic-6000HE 検知器を追加した
  • _pdbx_nmr_spectrometer.model により新しいAVANCE分光計を追加した
  • 0 を含まないよう _refine.ls_d_res_high の制限を変更した
  • non_negative_int の正規表現が正しくなかったので使わないようにした
  • citation と pdbx_related_exp_data_set で使うため citation_doi と exp_data_doi を追加した
5.300 2018-10-15
変更点 (ep/jmb):
  • _pdbx_related_exp_data_set の事例記述を修正した
  • 'BRUKER PHOTON 100' に対する _diffrn_detector.type の値を修正した
  • 化合物(Chemical Component)に対応するため audit の content type を拡張した
  • em_software.name の設定可能値に cisTEM と Topaz を追加した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値リストを更新した
5.299 2018-09-04
変更点 (ep):
  • 「MICROMAX-003」に対する _diffrn_source.type の設定可能値リストを修正した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値リストを更新した
  • XFEL(X線自由電子レーザー)に関する項目を組み込んだ
  • _diffrn_source.type の設定可能値リストにDiamond beamline(英国)のVMXiとVMXmを追加した
  • _em_software.name の設定可能値リストに「Gorgon」と「Pathwalking」を追加した
5.298 2018-08-01
変更点 (ep):
5.297 2018-07-23
変更点 (ep):
  • _software.language の設定可能値リストに値を追加した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値リストを更新した
  • _exptl_crystal_grow.method の登録可能値リストに COUNTER-DIFFUSION を追加した
  • _em_imaging.specimen_holder_model の設定可能値リストに JEOL CRYOSPECPORTER を追加した
  • _software.name の登録可能値リストに値を追加した
  • _atom_site.pdbx_PDB_model_num の設定可能値を正の整数とした
  • _atom_site.pdbx_PDB_model_num の設定可能値を正の整数しか設定できないようにした
  • 登録の際、_pdbx_nmr_representative.conformer_id には正の整数しか設定できないようにした
5.296 2018-06-25
変更点 (ep):
  • point_group 正規表現型を更新した
  • _diffrn_source.type の設定可能値リストに SACLA BEAMLINE BL2 と APS BEAMLINE 34-ID のビームライン名を追加した
  • _citation_author.identifier_ORCID の内容を更新し公開できるようにした
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値リストを更新した
  • _pdbx_nmr_representative.conformer_id に登録にのみ必要なヘルプ文書を追加した
  • 登録の際、_pdbx_contact_author.identifier_ORCID の値指定を必須にした
5.295 2018-06-07
変更点 (ep):
  • pdbx_deposit_group.group_type の設定可能値リストを更新した
  • EMDBスキーマに合うようem_imaging.calibrated_defocus_max, _em_start_model.random_conical_tilt_angle, _em_imaging.nominal_cs の許容範囲を広げた。
  • emd_fiducial_markers.diameter, _em_fiducial_markers.diameter の単位を変更した
  • _em_focused_ion_beam.dose_rate と _emd_sectioning_focused_ion_beam.dose_rate の単位、範囲、必須フラグを変更した
  • em_imaging.microscope_model の設定可能値リストに「JEOL 3100FEF」を追加した
5.294 2018-05-12
変更点 (ep):
5.293 2018-04-17
変更点 (ep):
  • emd_id に任意の数値が設定できるようにした
  • "PSI JUNGFRAU 1M" を diffn_detector.type の設定可能値に追加した
  • pdbx_depui_status_flags.merged_fail の要素を追加した
5.292 2018-03-22
変更点 (ep):
  • _emd_angle_assignment.type の設定可能値リストに "MAXIMUM LIKELIHOOD" 追加した
  • _em_image_recording.average_exposure_time の設定可能な値の範囲を広げた
  • diffrn_source カテゴリの登録に関係する設定可能値リストを更新した
5.291 2018-03-06
変更点 (ep):
  • _diffrn_detector.type, _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline, _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site の設定可能値リストを更新した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値リストを更新した
  • _pdbx_database_status.methods_development_category の設定可能値リストに RNA-Puzzles を追加した
  • _pdbx_audit_support.details 要素を追加した
5.290 2018-02-07
変更点 (ep):
  • _software.name enumeration の設定可能値リストに SIMBAD を追加した
  • _em_software.name の設定可能値リストに 'Sculptor'、'SUPER'、'FOCUS' を追加した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値リストを更新した
  • _pdbx_struct_assembly_auth_evidence_depositor_info.experimental_support の設定可能値リストに値を追加した
  • 4x3_matrix を削除し、3x4_matrices を追加した
  • _pdbx_deposit_group.group_type の設定可能値リストに値を追加した
  • _em_imaging_optics.energyfilter_slit_width の要素を追加した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization を設定可能値リストにある値しか設定できないようにした
  • _pdbx_depui_validation_status_flags.adp_outliers_zero のデータ型をテキストに変更した
5.289 2018-01-11
変更点 (ep):
  • 登録時の設定可能値リストとして、_diffrn_source.type に「SLAC LCLS BEAMLINE AMO」を、_diffrn_source.pdbx_synchrotron_breamline に「AMO」を追加した
  • _diffrn_source.type で設定可能な値の一つ「BRUKER D8 QUEST」の説明を「SEALED TUBE」に修正した
  • 下記各要素の設定可能範囲を更新または追加した
    • _em_imaging.nominal_defocus_max
    • _em_imaging.nominal_defocus_min
    • _em_image_recording.average_exposure_time
    • _em_imaging.nominal_magnification
    • _em_focused_ion_beam.initial_thickness
    • _em_focused_ion_beam.current
    • _em_imaging.nominal_cs
    • _em_imaging.c2_aperature_diameter
    • _em_imaging.calibrated_defocus_max
  • _software.name の設定可能値リストに「ISOLDE」を追加した
  • _em_imaging.microscope_model の設定可能値リストに「JEOL CRYO ARM 200」と「JEOL CRYO ARM 300」を追加した
  • date_dep の正規表現を修正し、0の日付が設定されないようにした
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値リストを更新した
  • enumeration pdbx_database_status.dep_release_code_struct_fact の設定可能値リストに「HOLD FOR 8 WEEKS」を追加した
  • _diffrn_detector.type の設定可能値リストに「Bruker PHOTON III」を追加し、既存の設定可能値の一つ「Bruker PHOTON II」の種別を修正した。
  • _em_sample_support.grid_material 設定可能値リストに「GRAPHENE OXIDE」を追加した
5.288 2017-11-27
変更点 (ep/ar/cl):
  • category_group_list.description 中の綴り間違いを修正した
  • pdbx_refine_tls にTLSの定義を記すための要素 item_sub_category.id を追加した
  • wwPDBの内部データ用として _citation_author.identifier_ORCID を追加した
  • 「POTITON」を em_virtification.instrument の設定可能値リストに追加した
  • 「GATAN K3 detectors」を _emd_image_recording.film_or_detector_model の設定可能値リストに追加した
  • 「GIF Bioquantum」を _em_imaging_optics.energyfilter_name の設定可能値リストに追加した
  • citation_author.name に関する登録の説明を更新した
  • 「SwissFEL」と「PAL-XFEL」を diffrn_source category の設定可能値リストに追加した
  • _em_image_recording.average_exposure_time の最大値を30秒に設定した
  • 「HOLD FOR 4 WEEKS」を pdbx_database_status.dep_release_code_struct_fact の設定可能値リストに追加した
5.287 2017-10-18
変更点 (ep/jmb):
  • 登録時に異方性のものがなかったとき、TLS項目が分かるようにするため _pdbx_depui_validation_status_flags.tls_no_aniso を追加した
  • 登録の際、0のB因子の印がつけられるよう、_pdbx_depui_validation_status_flags.adp_outliers_zero を追加した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値リストを更新した
  • diffrn_source.type、diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline、diffrn_source.pdbx_synchrotron_site に欧州XFELサイトを追加した
  • content_type の内容に合うよう pdbx_database_related.db_name の設定可能値リストを更新した
  • reflns.percent_possible_obs と reflns_shell.percent_possible_obs に上限値を設けた
  • 登録時、reflns.pdbx_R_split と reflns_shell.pdbx_R_split に正の値を要求し、推奨制限値をつくるよう変更した
  • 登録システムの都合上、reflns_shell.d_res_low と reflns_shell.d_res_high を必須化した
  • diffrn_source の登録時における設定可能値リストに「LIQUID ANODE」を追加し、それに合うよう diffrn_source の設定可能値リストにある「METALJET」のジェネレータ群を変更した。
  • pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support の設定可能値リストに値を追加した
5.286 2017-09-10
変更点 (ep):
  • pdbx_database_status.status_code, pdbx_database_status.status_code_sf, pdbx_database_status.status_code_mr, pdbx_database_status.status_code_cs の設定可能値リストに「RMVD」の値を追加した
  • em_sample_support.grid_type の設定可能値リストに値を追加した
  • em_imaging_optics.energyfilter_name の設定可能値リストに値を追加した
  • diffrn_source.type の設定可能値の一つ BRUKER METALJET の大文字小文字表記を修正した
  • entity_branch_extension のため、deposition entity.type の仕様を拡張した
5.285 2017-08-30
変更点 (ep):
  • em_imaging.specimen_holder_model の設定可能値リストに「FISCHIONE INSTRUMENTS DUAL AXIS TOMOGRAPHY HOLDER」を追加した
  • reflns.pdbx_Rrim_I_all、reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all、reflns.pdbx_Rpim_I_all、reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all、reflns_shell.pdbx_Rrim_I_all_anomalous、reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all_anomalous、reflns.pdbx_Rrim_I_all_anomalous、reflns.pdbx_Rpim_I_all_anomalous のソフトとハードの制限値を追加した
  • em_software.name の設定可能値リストにDepUIを追加した
  • pdbx_struct_assembly_auth_evidence.details と pdbx_struct_assembly_depositor_info.details を登録時に必ず指定するよう仕様を変更した
  • _pdbx_audit_support.funding_organization(資金源)の設定可能値リストを更新した
  • _pdbx_deposit_group.group_type の要素を新たに追加した
  • diffrn_source.type の設定可能値リストから ESRF BEAMLINE ID30A を削除した
  • software.name の設定可能値リストを使われたソフトウェアに応じた内容に更新した(登録用)
5.284 2017-08-03
変更点 (ep):
  • すべての登録インタフェースにおける設定可能値、説明、必須コードを統合した
  • database_2.database_id の設定可能値リストに「PDB_ACC」を追加した
  • pdbx_nmr_exptl_sample.concentration_units のデータ型を設定可能値リストに合うよう修正した
  • pdbx_SG_project.initial_of_center と pdbx_SG_project.full_name_of_center の設定可能値リストに「MCMR (Midwest Center for Macromolecular Research)」を追加した
5.283 2017-07-08
変更点 (ep):
  • _pdbx_nmr_constraint_file.constraint_type の設定可能値リストに 'carbohydrate dihedral angle' を追加した
  • em_image_recording.avg_electron_dose_per_image の推奨値範囲を広げた
  • pdbx_depui_status_flags.is_grant_funded を登録時の必須項目とした
5.282 2017-07-01
変更点 (ep):
  • pdbx_depui_status_flags.use_sas_refine を追加した
5.281 2017-06-27
変更点 (ep):
  • audit_contact_author.address の代わりとして pdbx_contact_author.legacy_address を追加した
  • xsd型チェックのため、pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date のデータ型を yyyy-mm-dd から yyyy-mm-dd:hh:mm に変更した
  • emd_image_recording.film_or_detector_model の設定可能値リストに「FEI FALCON III (4k x 4k)」を追加した。
5.280 2017-05-10
変更点 (ep):
  • _pdbx_supporting_exp_data_set カテゴリを追加した
  • 登録だけに関係する設定可能値を削除した
  • _pdbx_depui_status_flags.has_sas_data と _pdbx_depui_status_flags.is_sas_deposited の要素を追加
5.279 2017-04-20
変更点 (ep):
  • _pdbx_audit_revision_group.group の設定可能値リストに「Data processing」を追加した
  • _pdbx_audit_revision_details.type の設定可能値リストに「Obsolete」を追加した
  • _emd_map.endian_type と _em_map.endian_type の設定可能値リストにある「small」を「little」に変更した
5.278 2017-04-18
変更点 (ep):
  • _entry.pdbx_DOI にWWPDB_LOCALの内容を追加した
  • _pdbx_nmr_spectrometer.model の登録時設定可能値リストに「Direct Drive」を追加した
  • バージョン5.0について: database_PDB_rev と database_PDB_rev_record をWWPDB_LOCALの内容を含む項目としてマークした
5.277 2017-04-08
変更点 (ep):
  • v5.0用: wwPDB内部用の内容が書かれた _pdbx_database_status.date_begin_release_preparation を訂正し、_pdbx_database_status.status_code_cs の内容は削除した
5.276 2017-04-06
変更点 (ep):
  • pdbx_contact_author.contry と pdbx_audit_support.country の設定可能値リストの大文字使用に関する表記を修正した
  • _pdbx_SG_project.full_name_of_center の設定可能値リストの大文字使用に関する表記を修正した
  • _pdbx_nmr_exptl_sample.concentration_units の設定可能値リストを更新し、登録時の設定可能値リストに適合するようにした
  • 辞書中の後継アイテムへの前方参照がある非推奨の _em_* について、逆方向のマッピング情報も提供するようにした
  • v5rc対応のため、非推奨の computing カテゴリには software カテゴリへの前方参照を追加した
  • v5rc対応のため、_pdbx_database_status.recvd_initial_deposition_date の値で、_database_PDB_rev.date_original の値を置き換えた
  • v5rc対応のため、_pdbx_binding_assay カテゴリを削除した
  • _pdbx_nmr_constraint_file.constraint_subtype の設定可能値リストに値を追加した(「PRE」、「PRE solvent」、「CSP」)
  • v5rc対応のため、非推奨の pdbx_version カテゴリに後継のアイテム名を示すようにした
5.275 2017-03-28
変更点 (ep/mg):
  • 「Bruker METLJET」を _diffrn_detector.type の設定可能値リストから _diffrn_source.type の設定可能値リストに移動した
  • _diffrn_source.type の設定可能値リストにあった「SSRF BEAMLINE BL17U」を「SSRF BEAMLINE BL17U1」に変更した
  • _software.name の登録用設定可能値リストに「Agrovata」「DIMPLE」「SHELXL-97」を追加した
5.274 2017-03-20
変更点 (ep):
  • v5rc用: _database_PDB_rev と database_PDB_rev_record のカテゴリの内容を除去した
  • _software.name の設定可能値リストに「Force Field X」を追加した
5.273 2017-03-20
変更点 (ep):
  • v5rc用: 計算のため、カテゴリの内容をWWPDB_LOCALに設定した
  • v5rc用: 既にデータがアーカイブ内にあるため、以下の内容を除去した
    • _atom_site.Cartn_x_esd
    • _atom_site.Cartn_y_esd
    • _atom_site.Cartn_z_esd
    • _atom_site.occupancy_esd
    • _atom_site.B_iso_or_equiv_esd
    • _atom_site_anisotrop.U[1][1]_esd
    • _atom_site_anisotrop.U[2][2]_esd
    • _atom_site_anisotrop.U[3][3]_esd
    • _atom_site_anisotrop.U[1][2]_esd
    • _atom_site_anisotrop.U[1][3]_esd
    • _atom_site_anisotrop.U[2][3]_esd
  • _diffrn_detector.type の設定可能値リストに「Bruker METALJET」を追加した
  • _pdbx_audit_revision_details.type を登録時の必須項目とした
  • _pdbx_crystal_alignment.ybeam_esd の要素を追加
  • _refine_B_iso.pdbx_residue_num、_refine_B_iso.pdbx_strand、_refine_B_iso.pdbx_residue_name を任意項目とした
  • _pdbx_audit_revision_history と _pdbx_audit_revision_group の事例を訂正した
  • _pdbx_audit_revision_group.group の設定可能値リストを更新した
  • _emd_molecular_mass、_emd_vitrification、_emd_angle_assignment、_emd_particle、_emd_volume、_emd_modelling_initial_model の事例を追加または更新した
5.272 2017-03-14
変更点 (ep):
  • v5rc用: pdbx_version、database_PDB_rev、database_PDB_rev_recordの各カテゴリの内容をWWPDB_LOCALに設定した
  • pdbx_data_processing_status.status の設定可能値リストに「ssbond」を追加した
  • em_2d_crystal_entity.c_sampling_lengt のカテゴリ内容をv5rcではなくv5_next用としてWWPDB_LOCALに設定した
5.271 2017-03-09
変更点 (ep):
  • 以下のカテゴリに対しカテゴリグループの指定を追加した:pdbx_unobs_or_zero_occ_residues、pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms、pdbx_struct_mod_residue、pdbx_distant_solvent_atoms、 _pdbx_struct_special_symmetry、 pdbx_pdb_compnd、pdbx_pdb_source
  • _pdbx_remediation_atom_site_mapping で用いる WWPDB_LOCAL の値を更新した
  • _pdbx_remediation_atom_site_mapping.auth_alt_id の親要素を削除した
  • _refine.pdbx_method_to_determine_struct の設定可能値リストに「MIRAS」「SIR」を追加した
  • 利用に基づいた内容となるよう _pdbx_hybrid.residue_names の型を変更した
  • _pdbx_source と _pdbx_refine_ls_restr_ncs のカテゴリ主キーを追加した
  • _pdb_extract のデータを補うため、_pdbx_crystal_alignment カテゴリを追加し、pdbx_phasing_MR、reflns_shell、reflns の各カテゴリが存在するよう更新した
  • 4 x 3の行列に対応するため列間の空白に - を必要とするようにした
  • バージョニングに対応するため以下のカテゴリを新たに追加した:_pdbx_audit_revision_history、_pdbx_audit_revision_category、_pdbx_audit_revision_group、_pdbx_audit_revision_item、_pdbx_audit_revision_details
  • バージョン5rc用:以下のアイテムの内容を WWPDB_LOCAL に設定した:_atom_site.Cartn_x_esd、_atom_site.Cartn_y_esd、_atom_site.Cartn_z_esd、_atom_site.occupancy_esd、_atom_site.B_iso_or_equiv_esd、_atom_site_anisotrop.U[1][1]_esd、_atom_site_anisotrop.U[2][2]_esd、_atom_site_anisotrop.U[3][3]_esd、_atom_site_anisotrop.U[1][2]_esd、_atom_site_anisotrop.U[1][3]_esd、_atom_site_anisotrop.U[2][3]_esd
5.270 2017-03-01
変更点 (ep):
5.269 2017-02-27
変更点 (ep):
  • _software.name の設定可能値リストに「STARANISO」を追加した
  • _diffrn_source.type の設定可能値リストに「NSRRC BEAMLINE TPS 05A」を追加した
  • _refins.pdbx_starting_model の登録事例を更新した
  • _pdbx_struct_assembly_auth_evidence.experimental_support を更新した
  • "MAATEL BIODIFF" to diffrn_detector.type enumeration to include 'immunoprecipitation'
  • _diffrn_detector.type の設定可能値リストに "MAATEL BIODIFF" を追加し、'immunoprecipitation' を含めることができるようにした
5.268 2017-02-17
変更点 (ep):
  • 内部用の要素として_pdbx_binding_assay.auth_comp_id を追加した
  • _pdbx_binding_assay.assay_pH と _pdbx_binding_assay.assay_temperature に設定できる値に制限を設けた
  • _pdbx_binding_assay.assay_type、_pdbx_binding_assay.assay_value、_pdbx_binding_assay.assay_value_type の各要素を設定必須対象から外した
5.267 2017-02-15
変更点 (ep):
5.266 2017-02-11
変更点 (ep):
5.265 2017-02-05
変更点 (ep):
  • 登録システムにおけるX線源リストに「BRUKER TURBO X-RAY SOURCE」と「OXFORD DIFFRACTION NOVA」を追加した
  • 登録システムにおいて検証に用いるため、4x3_matrix、id_list、symmetry_operationの正規表現を定義した
  • _pdbx_struct_assembly_gen_depositor_info.symmetry_operationの要素を追加した
5.264 2017-01-05
変更点 (ep/M. Hekkelman):
5.263 2017-01-03
変更点 (jw/ep):
  • 単位として micrometres, micrometres_squared, teraphotons_per_pulse, kiloelectron_volts, microjoules, hertz, femtoseconds, microliters_per_min を追加した
  • xfel_group のカテゴリグループを作成した
  • xfel(X線自由電子レーザー)のための辞書拡張草案を取り込んだ
  • xfelの回折データのための辞書拡張草案とそれに対応したカテゴリグループを取り込んだ
  • _pdbx_struct_assembly_gen_depositor_info.all_chainsの要素を追加した
5.262 2016-12-19
変更点 (ep/jb):
5.261 2016-12-06
変更点 (ep/esg/cl):
  • _emd_crystallography_stats.overall_phase_error に0.0を設定できるようにした
  • _emd_crystallography_stats.overall_phase_error は設定任意項目に変更した
  • em関連カテゴリのカテゴリグループ分類を見直した
  • pdbx_biocurator_comment と pdbx_depositor_comment を追加した
5.260 2016-11-30
変更点 (jdw):
5.259 2016-11-30
変更点 (ep):
5.258 2016-11-29
変更点 (ep):
5.257 2016-11-22
変更点 (ep):
5.256 2016-10-18
変更点 (ep):
  • _em_vitrification.instrument の設定可能値リストに「ZEISS PLUNGE FREEZER CRYOBOX」を追加した
  • _em_3d_reconstruction / _emd_final_reconstruction に refinement_type の要素を追加し fsc_type 要素と置き換えた
  • _emd_admin.hold_expiry_date の名称を _emd_admin.map_hold_date に変更した
5.255 2016-09-28
変更点 (ep):
5.254 2016-09-19
変更点 (ep):
5.253 2016-08-26
Changes (ep):
+ Add enumeration for emd_map.contour_level_source and em_map.contour_level_source
5.252 2016-07-27
Changes (ep):
+ emd_virus_shell.triangulation and _em_virus_shell.triangulation, changle value to positive integer
+ Add DECTRIS PILATUS3 R CdTe detectors to diffrn_detector.type
5.251 2016-07-05
Changes (ep):
+ Change description of reflns.pdbx_CC_half and reflns_shell.pdbx_CC_half
to refer to a decimal value.
+ Remove local context for _pdbx_deposit_group.group_id
+ Update enumerations for _pdbx_nmr_chem_shift_ref.atom_group and
_pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pH_units
+ Description updates to several emd related categories
+ Deposition updates to BRUKER IMUS MICROFOCUS source and RAYONIX
MX225-HS/MX170-HS detectors
+ Range limits for reflns.pdbx_CC_half
+ _pdbx_item_linked_group and _pdbx_item_linked_group_list updates for
pdbx_chem_comp_model_*, em_*, emd_* and_pdbx_struct_special_symmetry
categories
5.250 2016-06-04
Changes (ep):
+ Reduce _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.temperature_units enumeration for deposition system
+ Add deposition system enumeration _diffrn_detector.type with numerous DECTRIS detectors
+ Update examples for:
_em_author_list
_em_depui
_em_grid_pretreatment
_em_diffraction
_em_diffraction_shell
_em_diffraction_stats
_em_final_classification
_em_euler_angle_assignment
_em_ctf_correction
_em_image_processing
_em_fsc_curve
_emd_microscopy
_emd_image_recording
_pdbx_deposit_group_index
_pdbx_entity_src_gen_depositor_info
+ Create parent/child definitions for:
_em_imaging.specimen_id
_em_image_scans.image_recording_id
_em_3d_reconstruction.image_processing_id
_em_diffraction_stats.image_processing_id
_em_image_recording.imaging_id
_em_final_classification.image_processing_id
_em_startup_model.image_processing_id
_em_euler_angle_assignment.image_processing_id
_em_ctf_correction.image_processing_id
_em_volume_selection.image_processing_id
_em_image_processing.image_recording.id
_emd_microscopy.emd_specimen_id
_emd_image_recording.emd_microscopy_id
_emd_image_digitization.emd_image_recording_id'
_emd_image_processing.emd_image_recording_id'
_emd_startup_model.emd_image_processing_id
_emd_angle_assignment.emd_image_processing_id
_emd_final_reconstruction.emd_image_processing_id
_emd_final_classification.emd_image_processing_id
_emd_particle_selection.emd_image_processing_id
_emd_volume_selection.emd_image_processing_id
_emd_ctf_correction.emd_image_processing_id
_emd_crystallography_stats.emd_image_processing_id
5.249 2016-05-24
Changes (ep):
+ deposition _software.name enumerations updated (CRANK, CRANK2, EVAL15, KYLIN)
+ Add AichiSR synchrotron and beamline BL2S1 to deposiiton diffrn_source
+ Add 'dipolar recoupling' and 'spin diffusion' to _pdbx_nmr_constraint_file.constraint_subtype
+ Add DECTRIS PILATUS3 R 300K detector
+ Update examples to include correct items:
_pdbx_audit_conform_extension
_pdbx_chem_comp_depositor_info
_pdbx_chem_comp_instance_depositor_info
_pdbx_depui_upload
_pdbx_deposition_message_info
_pdbx_deposition_message_file_reference
_pdbx_struct_ref_seq_depositor_info
_em_db_reference
_em_entity_assembly_molwt
_em_entity_assembly_naturalsource
_em_image_recording
_em_interpret_figure
_em_structure_factors_depositor_info
_em_volume_selection
_em_particle_selection
_em_mask_depositor_info
_pdbx_struct_special_symmetry
_pdbx_reference_publication_list
_pdbx_nmr_chem_shift_ref
_pdbx_nmr_chem_shift_reference
_pdbx_reference_entity_poly_link
5.248 2016-05-03
Changes (ep):
+ CAPRI added to _pdbx_database_status.methods_development_category
+ Correct pdbx_nmr_chem_shift_ref.mol_common_name enumeration
+ Add RDC to pdbx_nmr_constraint_file.constraint_subtype enumeration
+ Correct limits of em_3d_crystal_entity.space_group_num
+ EMD updates to status (HOLD8W), remove 'JEM3400FSC CRYOHOLDER', add new microscopes
5.247 2016-04-27
Changes (ep):
+ deposition beamline enumeration updates
+ add extensions to support pdbx_struct_assembly evidence
5.246 2016-04-11
Changes (ep):
+ deposition beamline enumeration updates
5.245 2016-04-02
Changes (PDBj):
+ _diffrn_source.type/_diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline deposition enumeration update BL-21 -> PX-BL21
5.244 2016-03-31
Changes (jw):
+ add extensions to capture results from ligand binding assays
5.243 2016-03-25
Changes (jy,zf):
+ add extensions for group depositions
5.242 2016-03-21
Changes (jw):
+ add regular expression for ORCID
5.241 2016-03-08
Changes (ep):
+ Update local context for selected em_* categories.
+ Update internal enumerations for detectors and secondary structure types.
5.240 2016-02-24
Changes (cl,ep):
+ Update local context for selected em_* categories.
+ Add internal data item _pdbx_database_status.auth_req_rel_date
5.239 2016-02-09
Changes (cl,ap):
+ enumeration update for item _em_imaging.specimen_holder_model
and _emd_microscopy.specimen_holder_model
+ set local context for categories em_virus_natural_host and em_virus_shell
5.238 2016-02-03
Changes (jy):
+ enumeration update for item _pdbx_database_status.methods_development_category
5.237 2016-02-01
Changes (es):
+ update enumerations and descriptions for EMD data items -
5.236 2016-01-26
Changes (cl,ep):
+ update enumerations and descriptions for EM data items -
5.235 2016-01-21
Changes (jw):
+ update context for EM data items -
+ add _em_admin.map_hold_date
5.234 2016-01-06
Changes (ep):
+ description text updates
5.233 2015-12-08
Changes (cl,ep):
+ EM extension update
5.232 2015-12-07
Changes (ep):
+ enumeration updates
5.231 2015-12-04
Changes (cl):
+ EM extension update
5.230 2015-12-03
Changes (es):
+ EMD extension update
5.229 2015-12-03
Changes (jdw):
+ Category context changed for pdbx_nmr_spectral_peak_list
5.228 2015-11-28
Changes (es):
+ EMD extension update
5.227 2015-11-24
Changes (ep):
+ DCC extension update
5.226 2015-11-24
Changes (cl):
+ EM extension update
5.225 2015-11-24
Changes (es):
+ EMD extension update
5.224 2015-11-19
Changes (es):
+ EMD extension update
5.223 2015-11-11
Changes (jw):
+ Adjust local context for selected NMR and EM data categories.
5.222 2015-11-11
Changes (es):
+ EMD extension update
5.221 2015-11-02
Changes (ep):
+ Enumeration updates
5.220 2015-10-30
Changes (ep):
+ Enumeration updates
5.219 2015-10-22
Changes (cl):
+ EM extension update
5.218 2015-10-22
Changes (es):
+ EMD extension update
5.217 2015-10-15
Changes (jw):
+ add item _pdbx_depui_entry_details.wwpdb_site_id
5.216 2015-10-14
Changes (cl):
+ Add _emd_admin.header_release_date, _emd_admin.obsoleted_date and _em_admin.header_release_date
5.215 2015-10-13
Changes (es):
+ EMD extension update
5.214 2015-10-08
Changes (ep):
+ Enumeration updates
+ regex update for type author
5.213 2015-10-01
Changes (jdw):
+ _pdbx_nmr_systematic_chem_shift_offset.ordinal replaces the natural category key for this category.
+ Enumeration updates
5.212 2015-09-08
Changes (cl):
+ EM extension update
5.211 2015-09-08
Changes (es):
+ EMD extension update
5.210 2015-08-31
Changes (cl,jw):
+ EM extension update
5.209 2015-08-30
Changes (ep,jw):
+ Enumeration updates
5.208 2015-08-14
Changes (cl,jw):
+ EM extension update
5.207 2015-08-06
Changes (ep,jw):
+ enumeration updates
5.206 2015-07-20
Changes (jw):
+ add new category pdbx_audit_conform_extension
5.205 2015-07-17
Changes (ep,jw):
+ enumeration updates
5.204 2015-07-06
Changes (es,cl):
+ EMD data type refinement
5.203 2015-06-30
Changes (es):
+ EMD data type refinement
5.202 2015-06-26
Changes (es):
+ EMD regular expression update
5.201 2015-06-24
Changes (es):
+ EMD extension update
5.200 2015-06-19
Changes (cl):
+ EMD extension update
5.199 2015-06-09
Changes (cl):
+ EMD extension update
5.198 2015-06-03
Changes (es,cl,jdw):
+ EMD extension update
5.197 2015-05-06
Changes (ep,ms,jdw):
+ enumeration updates
5.196 2015-04-30
Changes (ep,jdw):
+ enumeration updates
5.195 2015-04-28
Changes (es,jdw):
+ EMD extension dictionary update
5.194 2015-04-22
Changes (ep,jdw):
+ enumeration updates
+ add item _pdbx_contact_author.identifier_ORCID.
+ add chem_comp_model_group extensions.
5.193 2015-03-31
Changes (cs,jdw):
+ remove relationship between _pdbx_reference_entity_subcomponents.prd_id and _pdbx_reference_molecule_list.prd_id
5.192 2015-03-18
Changes (ep,jdw):
+ Add item _pdbx_depui_entry_details.replace_pdb_id
+ Enumeration updates
5.191 2015-03-10
Changes (es,jdw):
+ EMD extension dictionary update
5.190 2015-02-28
Changes (ep,jdw):
+ Enumeration updates -
+ removed _pdbx_poly_seq_scheme.hetero relationship with _entity_poly_seq.hetero
5.189 2015-02-20
Changes (es,ep,jdw):
+ EMD extension dictionary update
+ Enumeration updates
5.188 2015-02-10
Changes (es,jdw):
+ EMD extension dictionary update
5.187 2015-02-03
Changes (es,cl,jdw):
+ EMD extension dictionary update
5.186 2015-02-01
Changes (zf,jdw):
+ NMR updates for deposition system
5.185 2014-12-17
Changes (ag,ep,jdw):
+ NMR updates for deposition system
5.184 2014-12-02
Changes (es,jdw):
+ EMD extension dictionary update
5.183 2014-11-21
Changes (es,cl,jdw):
+ EMD extension dictionary update
5.182 2014-11-07
Changes (ag,ez,jdw):
+ NMR updates for deposition system -
5.181 2014-10-28
Changes (ag,ez,jdw):
+ NMR updates for deposition system -
5.180 2014-10-21
Changes (es,cl,jdw):
+ EMD dictionary update - make all categories optional --
5.179 2014-10-20
Changes (es,cl,jdw):
+ EMD dictionary update
5.178 2014-10-14
Changes (ep,jdw):
+ update enumerations for deposition system.
5.177 2014-09-25
Changes (ep,jdw):
+ update detector enumerations for deposition system.
5.176 2014-09-11
Changes (to,jdw):
+ add _pdbx_depui_validation_status_flags.residual_B_factors_flag
5.175 2014-09-10
Changes (ep,jdw):
+ update of NMR alternative mandatory codes and examples
5.174 2014-09-02
Changes (cl,ep,jdw):
+ update of EM extensions definitions, examples and enumerations
5.173 2014-08-28
Changes (cl,jdw):
+ update of EM extensions definitions, examples and enumerations
5.172 2014-07-30
Changes (cl,jdw):
+ update of EM extensions definitions, examples and enumerations
5.171 2014-07-21
Changes (jdw):
+ _pdbx_depui_status_flags.has_viewed_validation_report made optional
5.170 2014-07-17
Changes (cl,ep,jdw):
+ update of enumerations for 3DEM and other deposition forms.
5.169 2014-07-16
Changes (ep,jdw):
+ update of enumerations for deposition forms.
5.168 2014-07-10
Changes (cl,ep,jdw):
+ update of EM extensions definitions, examples and enumerations
+ update of enumerations for deposition forms.
5.167 2014-06-15
Changes (jdw):
+ added _pdbx_depui_status_flags.validated_model_file_name, _pdbx_depui_status_flags.merge_prior_model_file_name,
_pdbx_depui_status_flags.merge_replace_model_file_name, _pdbx_depui_status_flags.merge_output_model_file_name
+ Corrected/removed item-linked relation to _struct_ref_seq_dif.db_mon_id.
+ Updated _refine.pdbx_method_to_determine_structure
+ Update examples in category pdbx_data_processing_status
5.166 2014-06-06
Changes (jdw):
+ Add item _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry
+ Add category pdbx_database_status_history
5.165 2014-06-05
Changes (cl/jdw):
+ Update em extensions and add deposition specific em categories -
+ Add save__pdbx_depui_status_flags.has_viewed_validation_report
5.164 2014-06-03
Changes (jdw):
+ Update mandatory codes in category pdbx_database_status
5.163 2014-05-30
Changes (jdw):
+ remove redundant mandatory code for _pdbx_database_status.data_hold_nmr_contraints
5.162 2014-05-08
Changes (ep/jdw):
+ update enumerations in category software
5.161 2014-05-07
Changes (jdw):
+ update enumerations in category pdbx_SG_project
5.160 2014-05-02
Changes (jdw):
+ Items _entity_src_gen.pdbx_src_id, _entity_src_nat.pdbx_src_id _pdbx_entity_src_syn.pdbx_src_id added to
category key and set to mandatory code = yes.
+ Update internal enumerations for deposition system.
5.159 2014-04-10
Changes (cl/jdw):
+ Update in EM extension dictionary in support of new deposition system.
5.158 2014-04-03
Changes (jdw):
+ Make context for _entity_poly.pdbx_explicit_linking_flag local.
+ extend enumeration for _pdbx_contact_author.id.
5.157 2014-03-28
Changes (ep/jdw):
+ Update internal enumerations and boundary values for deposition system -
5.156 2014-03-24
Changes (ep/jdw):
+ Update detector enumerations
5.155 2014-03-12
Changes (hy/jdw):
+ Add preliminary items for _reflns.pdbx_CC_half,_reflns.pdbx_R_split,_reflns_shell.pdbx_CC_half and _reflns_shell.pdbx_R_split.
5.154 2014-03-10
Changes (ag/eu/jdw):
+ Update deposition closed enumeration flags for NMR extension definitions.
5.153 2014-03-07
Changes (eu/jdw):
+ add item _pdbx_nmr_refine.software_ordinal
+ update enumeration for _pdbx_database_status.dep_release_code_struct_fact
5.152 2014-03-04
Changes (ep/jdw):
+ change type of _pdbx_struct_assembly_depositor_info.oligomeric_count to line
+ update deposition specific enumerations in category software
5.151 2014-03-01
Changes (ep/jdw):
+ update deposition specific enumerations in category pdbx_database_related
5.150 2014-02-25
Changes (cl/ep/jdw):
+ update EM deposition specific metadata items.
5.149 2014-02-20
Changes (jdw):
+ update deposition mandatory codes and enumerations.
5.148 2014-02-19
Changes (jdw):
+ update regular expressions one-letter code sequences
+ add mandatory codes to pdbx_nmr_chem_shift_ref and pdbx_nmr_constraint_file
5.147 2014-02-18
Changes (jdw):
+ update diffraction detector enumerations/
5.146 2014-02-11
Changes (eu/jdw):
+ new items _pdbx_nmr_software.details,_pdbx_nmr_exptl_sample.concentration_err,_pdbx_nmr_spectrometer.name,
_pdbx_nmr_assigned_chem_shift_list.conditions_label,_pdbx_nmr_spectral_dim.sweep_width_units,
_pdbx_nmr_spectral_dim.center_frequency_offset,_pdbx_nmr_spectral_dim.under_sampling_type,
_pdbx_nmr_chem_shift_software.software_label
+ updates for deposition enumerations and mandator codes for NMR extensions.
5.145 2014-02-10
Changes (cl/jdw):
+ Update of enumerations for 3DEM extension dictionary.
+ Add categories pdbx_depui_entry_details and pdbx_data_processing_status.
+ Added definitions _atom_type.pdbx_scat_Cromer_Mann_a5,_atom_type.pdbx_scat_Cromer_Mann_b5,_refine.pdbx_average_fsc_overall,
_refine.pdbx_average_fsc_work,_refine.pdbx_average_fsc_free,_refine_ls_shell.pdbx_fsc_work,_refine_ls_shell.pdbx_fsc_free,
_refine_hist.pdbx_number_residues_total,_refine_hist.pdbx_B_iso_mean_ligand,_refine_hist.pdbx_B_iso_mean_solvent,
_atom_site_anisotrop.pdbx_PDB_model_num
5.144 2014-02-06
Changes (cl/jdw):
+ Update of enumerations for save__em_experiment.reconstruction_method
5.143 2014-01-24
Changes (ep/jdw):
+ Update of internal descriptions and enumerations for deposition system.
5.142 2014-01-23
Changes (ep/jdw):
+ Update of internal descriptions and enumerations for deposition system.
5.141 2014-01-21
Changes (ep/jdw):
+ Update of internal descriptions and enumerations for deposition system.
5.140 2014-01-20
Changes (ep/jdw):
+ Update of internal descriptions and enumerations for deposition system.
5.139 2014-01-17
Changes (jdw):
+ Update enumerations for item _pdbx_database_status.status_code
+ add category pdbx_related_exp_data_set
+ In pdbx_related_exp_data_set limit references to DOI types
+ Update item descriptions and examples for _pdbx_depui_entity_features.type,_entity_poly.pdbx_target_identifier,_reflns.pdbx_Rsym_value,
_refine.pdbx_solvent_vdw_probe_radii,_refine.pdbx_solvent_ion_probe_radii,_citation.pdbx_database_id_DOI,_entity.pdbx_description,
and _exptl_crystal_grow.pdbx_details.
+ Update of internal descriptions and enumerations for deposition system.
5.138 2013-12-20
Changes (jdw):
+ Update mandatory codes for category pdbx_contact_author.
+ Update enumerations for category software.
5.137 2013-12-10
Changes (jdw):
+ Update mandatory codes for category pdbx_contact_author.
+ Update enumerations for category software.
5.136 2013-11-22
Changes (cl/jdw):
+ new EMD mapping extension dictionary added.
+ local context of _pdbx_database_status.status_code_sf removed.
+ Update context to WWPDB_LOCAL for item _entity_poly.pdbx_sequence_evidence_code
+ Update context values to WWPDB_LOCAL for categories database_PDB_remark and pdbx_contact_author
+ multiple updates of EMD/EM extensions.
+ category group updates
5.135 2013-10-17
Changes (jdw):
+ added _pdbx_depui_upload.file_content_type and remove enumeration from
_pdbx_depui_upload.file_type.
+ includes any local meta-data changes coded into the deposition system.
+ update internal metadata for deposition system
+ add data categories for messaging pdbx_deposition_message_file_reference and pdbx_deposition_message_info
+ update mandatory codes and category group assignments
+ Reassign context RCSB_LOCAL to WWPDB_LOCAL
+ update software application enumerations.
+ Update category and item item context values in categories audit_contact_author, pdbx_database_proc, pdbx_entity_name,
struct_biol_gen, atom_site and pdbx_database_status.
+ add internal items _pdbx_database_status.date_begin_processing, _pdbx_database_status.date_end_processing,
_pdbx_database_status.date_begin_deposition, _pdbx_database_status.date_begin_release_preparation,
_pdbx_database_status.date_author_release_request
5.134 2013-08-27
Changes (jdw):
+ Added status flags --
_pdbx_depui_status_flags.is_ligand_processing_complete
_pdbx_depui_status_flags.sample_xyz_sequence_alignments_valid
_pdbx_depui_entity_status_flags.sample_xyz_sequence_alignments_valid
+ Added local category context to all internal categories.
5.133 2013-06-18
Changes (jdw):
+ updated advisory limits for _reflns_shell.d_res_low and _refine_ls_shell.d_res_low
5.132 2013-06-16
Changes (jdw):
+ add
_pdbx_seq_map_depositor_info.entity_id
_pdbx_seq_map_depositor_info.auth_asym_id
_pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
_pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
5.131 2013-06-14
Changes (jdw):
+ update enumerations for _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_name
5.130 2013-06-14
Changes (jdw):
+ added _pdbx_depui_status_flags.has_accepted_terms_and_conditions
+ updated advisory and hard limits to include equivalence on the boundary endpoints.
5.129 2013-05-29
Changes (jdw):
+ _pdbx_database_status.pdbx_annotator replaces _pdbx_database_status.rcsb_annotator
5.128 2013-05-23
Changes (jdw):
+ add item _entity_poly.pdbx_sequence_evidence_code
5.127 2013-04-27
Changes (jdw):
+ Update alternate descriptions and enumerations for deposition system.
5.126 2013-04-16
Changes (jdw):
+ Set _pdbx_contact_author.role and _pdbx_contact_author.role internally mandatory.
+ Set _pdbx_contact_author.name_mi optional
+ Relax regular expression for _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.db_seq_one_letter_code
+ Set _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code, _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name, _entity_src_nat.pdbx_organism_scientific internally mandatory.
+ Add _pdbx_depui_status_flags.has_helical_symmetry, _pdbx_depui_status_flags.has_point_symmetry, _pdbx_depui_status_flags.has_cyclic_symmetry
+
5.125 2013-04-08
Changes (jdw):
+ add items _pdbx_struct_ref_seq_dif_depositor_info.entity_id and _pdbx_chem_comp_instance_depositor_info.formula
5.124 2013-03-15
Changes (jdw):
+ add optional items _pdbx_validate_main_chain_plane.label_alt_id, _pdbx_validate_planes.lable_alt_id, _pdbx_validate_torsion.label_alt_id
5.123 2013-03-12
Changes (jdw):
+ add category pdbx_depui_entity_features
5.122 2013-03-11
Changes (jdw):
+ add items _pdbx_depui_status_flags.primary_citation_status, _pdbx_depui_status_flags.reference_citation_status,
_pdbx_depui_status_flags.corresponding_author_status
5.121 2013-03-07
Changes (jdw):
+ bulk import of RCSB local enumerations into internal pdbx_item_enumeration containers,
5.120 2013-03-01
Changes (jdw):
+ consolidated pdbx_struct_ref_depositor_info into pdbx_struct_ref_seq_depositor_info
5.119 2013-02-20
Changes (jdw):
+ restore main public version of mmcif_pdbx-def-2.dic
+ added _pdbx_depui_status_flags.prediction_target and category pdbx_depui_entity_status_flags
5.118 2013-02-20
Changes (jdw):
+ Added internal category pdbx_chem_comp_upload_depositor_info to hold potentially multiple
data files per chemical component.
5.117 2013-02-13
Changes (jdw):
+ Added internal categories -depui_validation_status_flags, pdbx_depui_upload, pdbx_depui_status_flags
5.116 2013-02-13
Changes (jdw):
+ added _pdbx_helical_symmetry_depositor_info.status_flag and _pdbx_point_symmetry_depositor_info.status_flag
+ updated the collection of advisory boundary values --
5.115 2013-02-06
Changes (jdw,kh):
+ Add categories pdbx_chem_comp_subcomponent_struct_conn and pdbx_chem_comp_subcomponent_entity_list.
+ For item _pdbx_chem_comp_subcomponent_entity_list.type change data type to uline and extend enumeration.
+ Set mandatory codes to optional for categories emd, emd_map and pdbx_nmr_software_task
5.114 2012-12-14
Changes (eu,ag):
+ Added items _pdbx_nmr_assigned_chem_shift_list.label, _pdbx_nmr_assigned_chem_shift_list.conditions_label,
_pdbx_nmr_spectral_peak_list.label, and _pdbx_nmr_spectral_peak_list.conditions_label
5.113 2012-12-04
Changes (eu,ag):
+ Add _pdbx_nmr_exptl.sample_state
5.112 2012-11-12
Changes (cl,jdw):
+ Update to the 3DEM data categories -
5.111 2012-11-08
Changes (cl,jdw):
+ Update to the 3DEM data categories -
5.110 2012-11-07
Changes (ss,sv,jdw):
+Added item _pdbx_entity_src_gen_depositor_info.entity_id
+Removed item _pdbx_entity_src_gen_depositor_info.alt_source_flag and _pdbx_entity_src_gen_depositor_info.gene_src_strain
+Items _pdbx_entity_src_gen_depositor_info.beg_seq_num and _pdbx_entity_src_gen_depositor_info.end_seq_num set to mandatory
+Data types for _pdbx_entity_src_gen_depositor_info.host_org_ncbi_taxonomy_id set to int
5.109 2012-10-15
Changes (jdw):
+ pdbx_chem_comp_instance_depositor_info
+ Update joint enumerations for _pdbx_reference_molecule.class.
+ Update enumeration list for _em_imaging.specimen_holder_model
5.108 2012-10-03
Changes (jdw):
+ Adjust mandatory codes for items in the pdbx_contact_author category.
+ Update all current extension dictionaries in
+ Correct version number typo.
5.107 2012-09-19
Changes (jdw):
+ Rename categories to: pdbx_reference_linked_entity, pdbx_reference_linked_entity_comp_list,
pdbx_reference_linked_entity_link, and pdbx_reference_linked_entity_comp_link
and distinguish inter and intra entity linkages.
+ Revised enumeration for _pdbx_reference_linked_entity.link_to_entity_type
5.106 2012-09-18
Changes (jdw):
+ remove existing EM dictionary which duplicates new EM item definitions
+ add categories pdbx_reference_linked_entity, pdbx_reference_linked_entity_list, pdbx_reference_linked_entity_link.
5.105 2012-09-06
Changes (jdw):
+ Revised definition of _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag.
+ Add definition _pdbx_solvent_atom_site_mapping.symmetry/symmetry_as_xyz
5.104 2012-09-01
Changes (jdw):
+ Added category pdbx_audit_support extension.
+ Incorporated D&A alternate descriptions and boundary values.
5.103 2012-08-29
Changes (jdw/jy):
+ Update enumerations for _pdbx_family_prd_audit.action_type and _pdbx_prd_audit.action_type
+ Update enumerations for _pdbx_reference_molecule.class/type, _pdbx_molecule_features.class/type
+ Added category for publication reference data - PDBX_REFERENCE_PUBLICATION_LIST
5.102 2012-08-28
Changes (jdw/cl):
+ added category group em_group_da
+ added EM extension dictionaries for D&A project.
_em_experiment.entry_id
_em_experiment.reconstruction_method
_em_experiment.specimen_type
_em_software.ordinal
_em_software.classification
_em_software.name
_em_software.version
_em_assembly.entry_id
_em_assembly.name
_em_assembly.composition
_em_assembly.num_components
_em_assembly.mol_wt_exp
_em_assembly.mol_wt_theo
_em_assembly.mol_wt_method
_em_assembly.details
_em_entity_assembly.id
_em_entity_assembly.type
_em_entity_assembly.name
_em_entity_assembly.details
_em_entity_assembly.organism_scientific
_em_entity_assembly.organism_common
_em_entity_assembly.strain
_em_entity_assembly.tissue
_em_entity_assembly.cell
_em_entity_assembly.organelle
_em_entity_assembly.cellular_location
_em_entity_assembly.engineered_flag
_em_entity_assembly.expression_system
_em_entity_assembly.expression_system_plasmid
_em_entity_assembly.go_id
_em_entity_assembly.ipr_id
_em_entity_assembly.ncbi_taxonomy_id
_em_entity_assembly.synonym
_em_entity_assembly.mutant_flag
_em_entity_assembly.number_of_copies
_em_entity_assembly.oligomeric_details
_em_entity_assembly.entity_list
_em_entity_assembly.mol_wt
_em_entity_assembly.mol_wt_method
_em_entity_assembly.entity_parent_id
_em_virus_entity.id
_em_virus_entity.virus_host_category
_em_virus_entity.virus_host_species
_em_virus_entity.virus_host_ncbi_taxonomy_id
_em_virus_entity.virus_host_growth_cell
_em_virus_entity.virus_type
_em_virus_entity.virus_isolate
_em_virus_entity.entity_assembly_id
_em_virus_entity.enveloped
_em_virus_entity.empty
_em_virus_entity.details
_em_icos_virus_shells.virus_entity_id
_em_icos_virus_shells.id
_em_icos_virus_shells.shell_diameter
_em_icos_virus_shells.triangulation_num
_em_specimen.id
_em_specimen.sample_state
_em_specimen.num_grids
_em_specimen.cryoprotectant
_em_specimen.embedding_material
_em_specimen.details
_em_sample_preparation.id
_em_sample_preparation.specimen_id
_em_sample_preparation.entity_assembly_id
_em_sample_preparation.ph
_em_sample_preparation.buffer_id
_em_sample_preparation.sample_concentration
_em_sample_preparation.details
_em_specimen_support.id
_em_specimen_support.specimen_id
_em_specimen_support.method
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+ added various items to capture depositor information for the wwPDB
deposition and annotation system.
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+ added flag for filtering STRUCT_CONN linkages relative to chemical component
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5.101 2012-08-22
Changes (jdw):
+ added provisional extension for multi-source entities
+ added provisional extension for branched entities
+ added provisional extension for residues on special positions
+ added provisional extension for NMR data items for D&A deposition system
+ added provisional extension for identifying the ligand in a site
5.100 2012-08-21
Changes (jdw):
+ Release as provisional version 5.100